「さようなら、すべてのエヴァンゲリオン」 あの日を境に、すべてのエヴァとさよならした…筈だった。 しかし、思いのほか早く、新大阪で折り返すかの如く、シンカリオンで戻ってきた。 無印、劇場版に続く、3度目の、シンカリオン×エヴァコラボ回として…！

唯一のヒントだった「アブトの夢」なしで探さねばならないZコード。 そして、何故か合体適合値まで適合率が上がらないシンのE5。 アブトの不在が続くいま、Z合体において重大なピンチに瀕していた。 そして、そのアブトもまた、遂に「真相」にたどり着く…