ひょんなことからシンカリオンZの運転士になった新多シン。 適合率が上がらず整備士の座に留まる碓氷アブト。 気まずくなりそうな二人の関係ですが、その折り合いは意外と早く付きました。 運転士と整備士が手を組んだその時、新幹線と在来線は合体する！

劇場版ラストカットの「シンカリオンはまだまだ止まらない！」から1年と3か月… その言葉通り、新たな主人公、新たな舞台、そして新たなシステム「Z合体」を引っ提げて、「シンカリオン」が帰ってきた！ オカルト好きの運転士と、シンカリオンに乗れない整備…